Kelangkaan pupuk hampir terjadi setiap tahun. Berbagai cara dan upaya untuk mengatasi masalah ini ternyata belum berhasil. Jika tahun lalu mekanisme penyaluran pupuk khususnya pupuk subsidi dengan sistem terbuka, maka mulai tahun ini diterapkan dengan sistem tertutup yaitu penyaluran pupuk berdasarkan Rencana Defenitif Kebutuhan Kelompok Tani (RDKK).
Selain RDKK, Departemen Pertanian (Deptan) kini menggalakkan penggunaan pupuk organik sebagai salah satu solusi untuk mengatasi kelangkaan pupuk kimia. Namun di sisi lain, pupuk organik yang sebagian besar dikelola home industri terkadang kekurangan bahan baku.
Menteri Pertanian Anton Apriyantono mengatakan, masalah kekurangan pupuk atau kasus kelangkaan adalah masalah moral hazard. Untuk itu mulai tahun 2009 pemerintah menggunakan sistem tertutup, sehingga distribusi pupuk subsidi dari distributor langsung kepada kelompok tani berdasarkan RDKK. “Dengan sistem ini diharapkan dapat memutus mata rantai spekulan pupuk,” katanya.
Menurut dia, pemerintah juga selalu menganjurkan petani agar menggunakan pupuk organik. Persediaan pupuk organik cukup banyak, sehingga tidak akan terjadi kekurangan. Berbeda dengan pupuk urea, misalnya, produksi industri pupuk nasional terbatas, sementara kebutuhan cukup banyak.
Data Agro Indonesia menunjukkan kapasitas terpasang industri pupuk nasional mencapai 8,0 juta ton. Namun realisasi produksi hanya 5,9 juta ton. Tidak terpenuhinya  kapasitas produksi tersebut karena industri pupuk kesulitan mendapatkan pasokan gas.
Menyinggung masalah  produsen pupuk organik terkadang kekurangan bahan baku, Mentan, mengatakan sebenarnya produsen dapat memanfaatkan bahan baku lokal yang banyak terdapat di perkebunan atau di peternakan.
“Bahan baku pupuk organik dapat memanfaatkan pelepah kelapa sawit, sampah industri, sampah rumah tangga dan kotoran ternak. Bahan baku seperti ini cukup tersedia,” katanya.
Dalam dua tahun belakangan ini, pemerintah juga memberikan subsidi pupuk organik. Hal ini dimaksudkan untuk meransang masyarakat tani agar tidak tergantung dengan pupuk kimia. “Kita juga sarankan kepada petani, untuk mengantisipasi kelangkaan pupuk, maka gunakan lah pupuk organik,” katanya.
Penggunaan pupuk organik selain tidak mengurangi produktivitas, juga dapat meningkatkan kesuburan tanah dan tidak merusak lingkungan. Disamping itu ketersediaan pupuk organik cukup banyak. Jika penggunaan pupuk organik meningkat, maka industri pupuk organik akan berkembang yang akhirnya dapat menyerap tenaga kerja.
Anton mengakui program subsidi pupuk memang belum optimal manfaatnya dirasakan petani karena petani seringkali membeli pupuk subsidi diatas harga eceran tertinggi (HET).
“Banyak hal yang menjadikan harga pupuk menjadi mahal sampai dipetani, misalnya lokasi yang terpencil. Kalau kenaikan HET masih dalam batas wajar masih bisa ditolerir. Saya ingatkan pupuk subsidi harus dibeli dalam kemasan karung 50 kg. Artinya pupuk subsidi tidak diecer kiloan,” tegasnya.
Tahun 2009, pemerintah telah mengalokasi kan anggaran subsidi pupuk sebesar Rp 17.537.030 juta dengan rincian produsen (subsidi harga) sebesar Rp 16.458.777 juta, bantuan langsung pupuk Rp 963.035 juta, biaya pengawasan Rp 20.000 juta dan kekurangan bayar tahun 2007 Rp 95.218 juta.
Jumlah alokasi pupuk subsidi tahun ini untuk tanaman pangan, hortikultura, perkebunan, peternakan, perikanan dan cadangan nasional untuk jenis urea 5,5 juta ton , superphos 1 juta ton, ZA sebanyak 923.000 ton, NPK 1,5 juta ton dan Organik 450 ribu ton.
Data realisasi penyaluran pupuk subsidi tahun 2008 antara lain urea  terealisasi 4,524 juta ton dari rencana 4,800 juta ton (94,2%), Superphos rencana 811.400 ton realisasi 586.102 ton (72,2%), ZA rencana penyaluran 750.350 ton realisasi 751.321 ton (100,13%), jenis NPK terealisasi 939.002 ton dari rencana 962.680 ton (97,5%) dan pupuk organik rencana penyaluran 345.000 ton yang realiasi hanya 69.307 ton (20,09%). Jamalzen